Kullanılacak program cihazın kullanım amacına uygun olarak değişmektedir.
Parmak İzi Okuyucu Programı eğer personel takibi için kullanılacaksa PDKS sistemi olmalıdır. Personelin mola süresi ölçülecek ise parmak izi okuyucu programı mola takip programı olmalıdır. Spor salonu, yemekhane gibi alanlarda kullanılacak parmak izi okuyucu programı bu alanlara göre değişiklik gösterir.
